Навлинский район расположен в зоне хвойно-широколиственных лесов, которые размещены на его территории крайне неравномерно. Основные их  массивы расположены в западной (левобережье  р. Десны) и в южной (левобережье р. Навли) частях района. Для этих лесов наиболее характерными породами являются сосна, береза, дуб, ель, осина, клен, липа, ольха, крушина, лещина, различные виды ив. В травяном покрове также сочетаются растения хвойных и широколиственных лесов: кислица, черника, грушанка, зеленые мхи, копытень, сныть, медуница. Имеются  на территории района и участки дубрав, образованных дубом черешчатым; небольшие массивы которых расположены в западной и юго-западной частях района, а также в долине р. Навля.

В целом лесной фонд Навлинского района занимает 59 % его территории, что составляет около 118549 га. Хвойные леса занимают 51 %, твердолиственные - 6 %, мягко-лиственные - 43 % от общей их площади. Возрастная структура характеризуется преобладанием средневозрастных насаждений - 47 % и молодняков - 22 %, на долю приспевающих древостоев приходится 17 %, спелых и перестойных - 14 %.

Растительный мир района очень богат и разнообразен, он представлен лесами, лугами и болотами. Растительные сообщества лугов вместе с пастбищами являются главным источником кормов для животноводства. Лучшие кормовые угодья сосредоточены на затопляемых весной поймах рек: Навли, Ревны и Десны. Это в основном разнотравно-злаковые луга, в растительности которых преобладают пырей, костер, тимофеевка, лисохвост, полевица, щучка, а также бобовые.

Избыточно увлажненных территорий в районе немного, поэтому болота занимают сравнительно небольшую площадь. Заболоченность наблюдается на участках в северо-восточной части территории и в поймах рек, где присутствуют все типы болот: низинные, верховые и переходные. Из древесных растений на болотах обычно встречаются: береза, сосна, ольха, ивы, из травянистых - осока, камыш, тростник, мох, клюква, хвощ, сабельник, вейник.